El 06 de agosto de 1960, promulgada la Ley Universitaria No. 13417, se creó la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas en la UNI, a partir de la entonces Facultad de Ciencias Básicas y Nucleares. El año 1961 se aprobó el Plan de Estudios, que consideró cursos semestralizados en la Facultad a partir del segundo año, pues los estudiantes ingresaban a la Universidad a través del Departamento Preparatorio, realizando un primer año (dos semestres) común a todas las Facultades. Se aprobó también otorgar el grado de bachiller en Ciencias Físicas y Matemáticas después de concluidos el Cuarto Año y previa sustentación de una tesis.
Se da también la posibilidad de continuar dos años de estudios en otras facultades, después de concluir el Cuarto Año, para optar el Título de Ingeniero Electrónico (Facultad de Mecánica y Electricidad), Ingeniero Nuclear (Facultad de Mecánica y Electricidad), Ingeniero Estructural (Facultad de Ingeniería Civil), Ingeniero Hidráulico (Facultad de Ingeniería Civil).
El año 1962 se crea el Instituto de Matemáticas Puras y Aplicadas (IMUNI). En 1965 se modifica el Plan de Estudios, se considera el primer año común de las Facultades con énfasis en los cursos de Algebra, Análisis y Física General, mantiene los tres años siguientes, al final de los cuales se opta el Grado de Bachiller en Ciencias Físicas y Matemáticas, previa sustentación de una tesis; y crea un Quinto Año en la Facultad en el que el estudiante podrá especializarse en Física o Matemática y optar el Título Profesional de Físico-Matemático, previa sustentación de una tesis. En ese entonces la Facultad contaba entre sus profesores con cinco del nivel de doctorado (3 en Matemáticas y 2 en Física) y 5 del nivel de maestro (1 en Matemática y 4 en Física).
El año 1967 se modifica nuevamente el plan de estudios, se incrementa los cursos de Química a 3 (hasta entonces sólo se daba uno), y se establece que el quinto año (etapa de especialización) tiene una orientación profesional y otra académica. La profesión conduce al título de Físico-Matemático e involucra una preparación en ciencia aplicada, mientras que la académica corresponde a una preparación adecuada para continuar estudios en postgrado.
En 1968, el Consejo de la Facultad aprueba la creación de la sección de Química y en enero de 1969, el Consejo autoriza su funcionamiento, aprobando otorgar el grado de Bachiller en Química y el Título profesional de Químico. En ese entonces se contaba entre los profesores con dos doctores y un maestro en Química.
En febrero de 1969 se decreta la Ley Universitaria No.17437, cambiando la estructura académica y administrativa de las universidades. Se elimina el régimen facultativo y se crea el de Departamentos y Programas Académicos. Es así que se crea el Programa Académico de Ciencias (PAC) con las especialidades de Física, Matemática y Química. Este mismo año el CONUP autoriza la creación de la especialidad de Estadística en el PAC de la UNI y en 1970 se incluye dicha especialidad. También se aprueba otorgar los grados de Bachiller en Ciencias con mención en Física, en Matemática, en Química y en Estadística, así como los títulos profesionales de Licenciado en cada una de las mencionadas especialidades. El grado y el título se optan después de cumplir los 10 semestres académicos que considera el Plan de Estudios, previa sustentación de las respectivas tesis. Cabe mencionar que los estudios en Estadística no se iniciaron sino en el año 1977.
En diciembre de 1983 se promulga la Ley Universitaria No.23733 que modifica nuevamente la estructura académica y administrativa de las universidades y se crean las actuales Facultades, entre ellas la Facultad de Ciencias (FC), estableciéndose las Escuelas Profesionales de Física, Matemática, Química y Estadística. Se otorgan los grados de Bachiller en Ciencias y los títulos profesionales de Licenciado, respectivos.
Mediante Resolución Rectoral N° 000147 del 3.3.95, la Escuela Profesional de Estadística se trasladó a la Facultad de Ingeniería Económica y Ciencias Sociales, cuatro años mas tarde, mediante Resolución Rectoral No. 0598 del 2.8.99, se creó la Escuela de Ingeniería Física, por lo que actualmente la Facultad de Ciencias cuenta con las especialidades de FÍSICA, INGENIERIA FÍSICA, MATEMÁTICA y QUÍMICA.
Debemos resaltar que a iniciativa de la Facultad de Ciencias se creó, mediante Resolución Rectoral No. 000109 del 14.2.97, el INSTITUTO DE MATEMÁTICA Y CIENCIAS AFINES (IMCA), cuyos objetivos son la investigación y la formación de maestros y doctores, en matemática; para lo cual se cuenta con el apoyo del Instituto de Matemática Pura y Aplicada (IMPA) de Río de Janeiro, Brasil.
